Sedangkan Bung Hatta berpendapat lain, ia mengusulkan Masjid Istiqlal di bangun di dekat perkampungan warga di Jalan Thamrin.
Namun akhirnya, pilihan Presiden Soekarno digunakan karena di seberangnya berdiri gereja Kathedral dan memperlihatkan kerukunan dan keharmonisan kehidupan beragama di Indonesia.
peletakan batu pertama dilakukan oleh Presiden Ir. Soekarno pada tanggal 24 Agustus 1961 bertepatan dengan peringatan Maulid Nabi Muhammad SAW dan disaksikan oleh ribuan umat Islam seperti dikutip Beritamandalika.com dari website istiqlal.or.id.
Pembangunan Masjid Istiqlal sempat mandek karena situasi politik kala itu dan pada tahun 1966 saat situasi mulai membaik, baru-lah dibangun kembali
Menteri Agama KH. Muhammad Dahlan pada awal pemerintahan Soeharto mempelopori kembali pembangunan masjid dan kepengurusan dipegang oleh KH. Idham Chalid yang bertindak sebagai Koordinator Panitia Nasional Pembangunan Masjid Istiqlal.
Tujuh belas tahun kemudian, terhitung dari tanggal 24 Agustus 1961, sampai diresmikan Presiden Soeharto pada 22 Februari 1978, Masjid Istiqlal selesai dibangun. Biaya pembangunan diperoleh terutama dari APBN sebesar Rp. 7.000.000.000,- (tujuh miliar rupiah) dan US$. 12.000.000 kala itu. ***